Die Gründe dafür, dass Optimierungsprojekte und Lean-Einführungen in Unternehmen scheitern oder nicht die erwarteten Ergebnisse liefern, sind vielfältig. Zum einen mag der Misserfolg daran liegen, dass Lean nicht im Sinne einer wissenschaftlichen Theorie systematisch dokumentiert vorliegt. Weil dadurch die Basis für ein Wissensmanagement fehlt, ist es erfahrungsgemäß schwierig, die Projektbeteiligten in ihrer Denkweise und im Methodeneinsatz auf einen gemeinsamen Stand zu bringen. Um dieses Problem zu beheben wäre ein „Lean Produktionssystem“ nötig, doch den Aufbau eines derartigen Methodenbaukastens können viele Mittelständler selbst nicht leisten.

Punktuelle, von nur einzelnen Fachabteilungen vorangetriebene Verbesserungsmaßnahmen sind ein häufiges Phänomen. Sie erweisen sich jedoch oft als ein weiteres Manko, weil sie ohne das notwendige interdisziplinäre Verständnis für das gesamte System angegangen werden. Es kommen Methoden in Kombination zum Einsatz, die zu widersprüchlichen Ergebnissen führen, nicht mit dem Lean-Gedanken kompatibel sind und dadurch unlösbar erscheinende Zielkonflikte, meist an Abteilungsgrenzen, erzeugen.

Viele Optimierungsprojekte werden häufig im laufenden Serienbetrieb, also nach Start-of-Production, durchgeführt. In diesen Fällen kann eine Vielzahl von Restriktionen das erwartete Ergebnis negativ beeinflussen. Faktoren, wie vorhandene Platzverhältnisse, bereits beschaffte Werkzeuge und Maschinen, für Prozesse erteilte Kundenfreigaben sowie Zertifizierungen, eingefahrene Abläufe und vieles mehr, erschweren Veränderungen. Studien zeigen, dass im laufenden Betrieb nur noch ca. ein Fünftel der Kosten bei hohen Änderungskosten beeinflussbar sind. Der große Hebel zur Optimierung liegt also in der Planungsphase, vor dem Start-of-Production. Gerade im Mittelstand wird dieses Potenzial aber aufgrund fehlender Planungskapazitäten nur unzureichend genutzt. Auch werden häufig zu schnell Optimierungsmaßnahmen umgesetzt, ohne die eigentliche Problemursache erfasst zu haben: Es ist mitunter nur schwierig erkennbar, wo im Gesamtsystem Optimierungen angesetzt werden sollten und durch welche Stellhebel die gewünschten Effekte zu erreichen sind.